Incredible Stanford study discovers thousands of novel proteins produced by human microbiome

Rich Haridy

A remarkable new study from scientists at Stanford University has revealed thousands of previously undiscovered small proteins produced by bacteria in the human microbiome. Almost all of these newly described proteins serve unknown functions in the human body and the researchers suggest their discovery opens up a new frontier for future therapeutic drug development.

“It’s critically important to understand the interface between human cells and the microbiome,” explains Ami Bhatt, senior author on the recently published study. “How do they communicate? How do strains of bacteria protect themselves from other strains? These functions are likely to be found in very small proteins, which may be more likely than larger proteins to be secreted outside the cell.”

These tiny proteins have traditionally been ignored by researchers due to fundamental difficulties in detecting them. They are generally smaller than 50 amino acids in length and most likely serve critical communication functions between bacterial strains and the hosts they inhabit. To track down these small signaling proteins, the researchers zoomed in on the bacterial genomes.

“The bacterial genome is like a book with long strings of letters, only some of which encode the information necessary to make proteins,” says Bhatt. “Traditionally, we identify the presence of protein-coding genes within this book by searching for combinations of letters that indicate the ‘start’ and ‘stop’ signals that sandwich genes. This works well for larger proteins. But the smaller the protein, the more likely that this technique yields large numbers of false positives that muddy the results.”

Using a novel computational approach the researchers carried out a comparative genomics study revealing over 4,000 protein families, the majority of which have never previously been identified. The sheer volume of the discovery surprised the research team, which expected to maybe find a few hundred novel strings of small-protein-coding genes, but instead discovered thousands.

The study offers hypotheses as to the function of some of these small protein families, based on their genomic neighborhood, prevalence across certain human body sites, and other factors. Some of the newly discovered small protein families, for example, share genetic traits with previously discovered proteins known to enhance antibiotic resistance.

The paper, published in the journal Cell, offers a comprehensive summary of all 4,539 newly discovered small protein families, essentially serving as a large new catalog for future research. The next step is to begin understanding what mechanical functions these novel small proteins serve, opening the door to potential new antibiotics or other drugs for therapeutic human uses.

“Small proteins can be synthesized rapidly and could be used by the bacteria as biological switches to toggle between functional states or to trigger specific reactions in other cells,” says Bhatt. “They are also easier to study and manipulate than larger proteins, which could facilitate drug development. We anticipate this to be a valuable new area of biology for study.”

The new research was published in the journal Cell.

Bron: Stanford Medicine

Eenvandaag: “Weg met de kunstmest: we maken Bokashi”

Kringloopboer Maurits Tepper vindt het boeren opnieuw uit. “We zijn nu nog gekke henkies. Maar ons bedrijf is een inspiratie voor de boeren van de toekomst. Laat ze ons maar voor gek verklaren.”

“Ik zou er geen geld in hebben gestoken als ik er niets in zou hebben gezien”, zegt Maurits Tepper. “Ik ben voor sommige mensen bedreigend en dat wil ik niet. Maar dit is de manier waarop ik het wil doen.” Tepper en zijn vrouw runnen sinds 2015 boerderij Eytemaheert in Leutingewolde in de kop van Drenthe. Zij runnen een zogenoemde kringloopboerderij: zonder bestrijdingsmiddelen en kunstmest – zoals het in het verleden gebeurde. “Dit doen we om de natuur te beschermen, te versterken en in stand te houden.”

Kringloopboeren als unique selling point
Maurits Tepper heeft een droom voor de toekomst. “Als jonge landbouwers nu eens natuurlijke mest gebruiken en gelijk duurzaam worden, dan krijgen ze een voorsprong in de wereld. Als dat gestimuleerd wordt door de overheid ben je heel ver. Kringloopboeren wordt dan in Nederland ons unique selling point, en dan willen ze dit in China ook.”

De Teppers zijn ondernemende boeren. “We zijn nu nog gekke henkies, maar ik hou mijn armen open voor die jonge boeren die het roer om willen gooien. ‘Old school’-boeren zitten in een lineair systeem, wij werken circulair. We zien voor Nederland een toekomst met duurzame én productieve landbouwbedrijven, ondersteunt met moderne technieken. Binnen 10 jaar kunnen we beter rendement draaien als de niet-circulaire boeren. Ook mijn blaarkoppen. Dat kan.”

Alleskunner
De kringloopboeren hebben 150 blaarkoppen. Deze koeien zijn er voor vlees én melk. In de huidige veebedrijven heb je of een koe die melk geeft of houd je vleeskoeien. “Onze koeien zijn dubbeldoel. Ze eten alleen gras van het eigen land. Vroeger was dat normaal”, vertelt Tepper. “En hun vlees is heel fijn en doorregen.”

“De blaarkop is de koe die alles kan. Ze eten alleen gras van eigen land want landbouwgrond is schaars. Akkerbouw gebruiken voor veevoer is eigenlijk raar,” vindt hij.

Voer van eigen bodem
“Onze proeftuin is van belang voor de regering”, zegt Tepper. De Wageningen University & Research (WUR) gebruikt Teppers boerderij als onderzoekscentrum om van dichtbij te kunnen bekijken hoe kringlooplandbouw precies werkt. “Martin Scholten, directeur van de Animal Science Group van de WUR gaat meten wat wij doen. De kennis gaan wij presenteren met onze partners (onder andere Natuurmonumenten, Staatsbosbeheer en WUR).” En studenten zijn welkom op de boerderij, in de toekomst kunnen zij er zelfs overnachten zodat er meerdaags onderzoek kan worden gedaan.

De boerderij van Tepper en zijn vrouw past precies in het Realisatieplan Kringlooplandbouw van landbouwminister Carola Schouten. Kringlooplandbouw is een vorm van landbouw met een gesloten voedselsysteem. Alle voedings- en meststoffen blijven binnen het bedrijf. Op het land gebruikt de boer bijvoorbeeld mest van eigen dieren. Dieren krijgen voer van eigen bodem, zoals gras van het weiland of maaiafval bij een akkerbouwbedrijf.

Weg met de kunstmest: We maken Bokashi
Mest voor op het land maakt Tepper zelf, weg met de kunstmest: “We maken Bokashi. Dat is maaisel uit de natuurgebieden rond ons bedrijf. Dat gras laten we fermenteren, een beetje zoals zuurkool. We voegen klei en kalk toe waardoor er een soort mest ontstaat en dat gooien we weer over het land. Het is terug naar het oude landbouwsysteem. We halen de voeding uit de natuur. Bokashi is CO2-neutraal. En we gebruiken ook gewoon koeienpoep voor het land.”

“Zo stroomt het allemaal mooi in elkaar over, en het blijft binnen het gesloten systeem van de boerderij”, zegt Tepper enthousiast. Dit systeem houdt rekening met klimaat, biodiversiteit en duurzame bemesting en heeft ook invloed op de rest van de natuur. “Daarom komen weidevogels bij ons wél.”


bron: 
https://eenvandaag.avrotros.nl/item/boer-tepper-gelooft-in-kringlooplandbouw-we-kunnen-een-voorsprong-nemen-in-de-wereld/

https://www.emnatuurlijkactief.nl/maurits-en-jessica-tepper-pionieren-door-te-boeren-zoals-vroeger/

Why do we treat soil as dirt?

      Geen reacties op Why do we treat soil as dirt?

Soil is pretty remarkable stuff. It provides us with 95% of our food, helps regulate the earth’s atmosphere, and It’s a bigger carbon sink than all the world’s forests combined. In fact, it enables all life on this planet to exist. So why do we treat it like dirt? Guardian journalist Josh Toussaint-Strauss finds out how we’re destroying the earth’s soil, but also discovers some of the progress we’ve made in the race to protect it.

1 gram soil contains 4000 – 50000 species of micro-organisms

bron: https://www.theguardian.com/environment/2019/aug/08/climate-crisis-reducing-lands-ability-to-sustain-humanity-says-ipcc

Reminder: Bessenplukfestijn zaterdag 24 augustus bij Weldaadbessen in Wilhelminaoord!

Vanwege het succes en plezier van deze dag in juli houden we zaterdag 24 augustus 2019 nog eens een nazomer EM Bessenplukdag in Wilhelminaoord.
Er zullen veel blauwe bessen, rode bessen en bramen geoogst kunnen worden 🙂

Zoals op elke EM-dag is de EMwinkel er ook weer met een compleet EM-artikelen assortiment. U kunt kennismaken met nieuwe producten en al uw vragen stellen over EM. En alleen op deze bessenplukdagen krijgt u 10% EM DAG KORTING! 

Indien u al een EM-bestelling heeft, willen wij u vragen, dit van te voren per mail of telefonisch door te geven aan de EMwinkel (shop@emwinkel.nl) of (tel. 036 534 86 10).

Ook graag alvast  doorgeven wanneer u grotere zakken wilt afnemen, zoals Mest Best e.a., omdat er niet al te veel plaats in de auto is (ter informatie: een grote zak Mest Best is geschikt voor de bemesting van 100 m2 tuin).  

Adres:
Weldaad Bessen,
Koningin Wilhelminalaan 6a
8384 GH Wilhelminaoord 

tel. 0521-383490 of 06-20110511

Verslagje van de EM Drink primeur en het Bessenplukfestijn van zaterdag 13 juli 2019


Het was zaterdag was een heel bijzonder EM Bessenplukfestijn! 

Het was de primeur van EM Drink, het nieuwe geconcentreerde EM Probioticum. Er was erg veel belangstelling om op deze dag de EM Drink zelf te komen proeven. Men was er erg blij mee en de smaak werd bijzonder gewaardeerd. Ga direct naar de EM Drink: www.emdrink.nl 

Gelukkig hebben Auke en Ineke het Bessenparadijs kunnen behouden, zodat we op deze dag weer volop EM bessen hebben kunnen plukken: van ‘s ochtends vroeg tot laat in de middag werd er geplukt!


meer informatie over de EM drink: www.emdrink.nl 

Het verband tussen je bijnieren en probiotica

Het slikken van Probiotica houdt in dat je een middel neemt dat goedaardige darmbacteriën bevat. Er bestaan vele soorten goedaardige darmbacteriën, de ene soort wat meer succesvol voor de darm dan de andere. Van dit soort supplementen wordt vaak gedacht dat het is om de darm beter te laten functioneren. Dat klopt natuurlijk, maar de goedaardige darmbacteriën doen nog veel meer dan dat.

Stress in de darm

Zo functioneert een groot deel van ons immuunsysteem via de darmbacteriën, maar ook ons hormoonstelsel is ervan afhankelijk. Dit werkt tot zeer diep in het lichaam door, tot en met de energievoorziening van het lichaam. 

Als de darm niet optimaal functioneert, komt er een overgroei aan schadelijke bacteriën in de darm. Dit creëert een situatie dat we “stress in de darm” noemen. De darm en de hersenen zijn met elkaar verbonden door een grote en de meest belangrijke zenuwbaan van het lichaam, de zogenaamde Nervus Vagus. In het verleden dacht men dat deze zenuwbaan alleen bedoeld was om prikkels vanuit de hersenen naar de darm door te geven. Maar door onderzoek weten we nu dat de Nervus Vagus primair bedoeld is om signalen van de darm naar de hersenen door te geven. Om deze reden wordt dat de darm nu als een soort 2e hersenen beschouwd. Het signaal van de stress situatie in de darm komt hierdoor direct bij de hersenen binnen.

De functie van de bijnieren

Wanneer de hersenen dit signaal doorkrijgen, geven zij weer een signaal aan de bijnieren. De bijnieren zijn twee kleine orgaantjes, te grootte van een walnoot die boven op onze nieren liggen. Deze bijnieren reguleren onder andere de stress response in ons lichaam. Dat doen ze door verschillende soorten hormonen te produceren die ons lichaam helpen bij het omgaan met stress. We kennen allemaal wel een situatie waarin er een ongeluk dreigt te gebeuren en onze bijnieren adrenaline aanmaken. Hierdoor zijn we in staat om een enorme prestatie te leveren en het ongeluk misschien wel te voorkomen. Dit is echter niet het enige soort stresshormoon dat de bijnieren aanmaken.

Het hormoon cortisol

Er is één soort hormoon dat bij langdurige chronische stresssituaties van groot belang is. Dat hormoon is cortisol. Dit hormoon heeft natuurlijk zijn goede kanten. Het is bedoeld door de natuur om ervoor te zorgen dat we in tijden van chronische stress overeind blijven. Echter, als de chronische stress te lang aanhoud en de bijnieren te lang cortisol aanmaken, heeft dit allerlei nadelige gevolgen voor de het lichaam.

Gevolgen van te veel cortisol

Langdurig verhoogde niveaus van dit hormoon zorgen er onder andere voor dat je niet meer goed gewicht kunt verliezen, je krijgt dan het beroemde zwembandje. Vermoeidheid is ook een gevolg van een verhoogd cortisol gehalte. Tevens zal je slaapritme verstoord kunnen worden, variërend van slechter slapen tot fikse slapeloosheid aan toe. Daarnaast zorgt cortisol ervoor dat je bepaalde eiwitten, zoals bijvoorbeeld collageen, niet meer goed kunt maken. Hierdoor kan je huid meer gerimpeld worden. Ook verlaagt het de werking van het immuunsysteem en de spijsvertering.

Door stress in je darm kan het zijn dat je geen ernstige stress in je leven ervaart, maar wel een verhoogd cortisol gehalte hebt. Als het cortisol gehalte langere tijd verhoogd is, dan betekent dat, dat de bijnieren ook veel te lang, veel te hard moeten werken.

Zo ontstaat bijnieruitputting

Als een orgaan gedurende langere tijd veel te hard heeft moeten werken, dan moet het daarna ook de tijd krijgen om zijn krachten weer te verzamelen. Als dat het geval is met de bijnieren, dan spreken we over een bijnieruitputting. De bijnieren hebben dan te lang en te hard moeten werken waardoor ze er vanzelf mee ophouden. Er ontstaat dan juist een te laag gehalte aan cortisol. Eigenlijk is dat nog erger dan een te hoog gehalte, maar het begint natuurlijk allemaal met een te hoog gehalte.

Hoe krijg je de darm in balans

Om die reden is het hebben van een goede balans tussen de goede en de ziekmakende bacteriën in de darm van uiterst belang voor de totale gezondheid. Het doen van een regelmatige darmreiniging is de beste eerste stap om ervoor te zorgen dat de balans tussen de 2 soorten darmbacteriën weer goed komt. Na het doen van een darmreiniging is het zaak de darmwand te laten helen en dan pas de goede darm bacteriën met een Probiotica product aan te vullen.

Voeding voor goede darmbacteriën

Daarnaast is het van groot belang om de darmbacteriën goed te voeden. Als ze in de darm zijn aangekomen moeten ze namelijk aansterken en zich gaan vermenigvuldigen. Dit kan alleen wanneer ze goede voeding krijgen. Een product dat alleen de goede darmbacteriën voedt noemen we een PRE-bioticum. Ziekmakende darmbacteriën voeden zich namelijk met onder andere rottende en gistende voedingsresten en suikers.

Overige maatregelen voor een lager cortisolgehalte

Het nemen van een goed product dat de goede darmbacteriën aanvult heeft dus een grote impact op de gezondheid van het hele lichaam. Daarnaast zijn er nog andere maatregelen die u kunt nemen om het gehalte aan cortisol laag te houden, zoals: voldoende rust nemen, acht uur per nacht slapen, veel in de buitenlucht zijn, niet overmatig sporten, niet te veel cafeïne drinken, geen energie drankjes nemen en voldoende verse, zelfgemaakte maaltijden nemen met veel verse biologische groenten.

Er is dus duidelijk veel wat we er zelf aan kunnen doen om ons lichaam goed te laten functioneren. Bovenstaande stappen zijn eenvoudig toe te passen en zullen het hele lichaam positief beïnvloeden.

bron: https://www.earth-matters.nl/5/14609/gezondheid/het-verband-tussen-je-bijnieren-en-probiotica.html